결핵이 진단되어 원칙대로 정해진 기간 동안 치료를 하고 치료를 종결한 후에 결핵이 재발하는 경우를 결핵의 재발이라고 합니다. 결핵의 재발은 언제든지 발생할 수 있으나, 치료 종료 후 3개월~6개월에 가장 많이 발생한다고 알려져 있습니다. 이렇게 재발이 된 경우에도 처음 결핵 진단 시와 마찬가지로 객담결핵균도말, 배양검사 및 약제 감수성 검사를 모두 시행하여야 합니다.
 
 치료 완료 후 1-2년 이내에 재발한 결핵은 초치료에서 꾸준히 치료를 하였음에도 불구하고 결핵 병소에 남아있던 감수성 결핵균이 재활성화 되어 결핵이 재발하는 경우가 많으므로 일단 초치료에 사용하였던 약제를 그대로 다시 시작하게 됩니다. 또한 이전 치료에서 치료기간이 부족해서 재발한 것으로 보고, 치료기간을 3개월 연장하는 것을 원칙으로 합니다. 하지만 이후 경과가 나빠지거나 및 약제 감수성에서 내성결핵으로 균주가 나오는 경우에는 치료 약제를 변경을 고려하여야 합니다.
 
 수십 년 전의 결핵 치료 후의 재발이라면 새로운 균에 의한 감염 가능성도 있기 때문에, 초치료의 표준 치료를 원칙으로 하고 기간은 개개의 상황에 맞춘 치료가 필요합니다.
 
 결론적으로 결핵이 치료 1-2년 이내에 재발한 경우에는 대개 원래치료기간에 3개월 정도 더 결핵약 복용을 연장하게 됩니다.